آگاروز یک ماتریکس انتخابی برای کار با پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک است زیرا دارای طیف گسترده‌ای از ثبات فیزیکی، شیمیایی و حرارتی است و درجه کمتری از پیچیدگی شیمیایی آن نیز باعث می‌شود احتمال تعامل آن با مولکول‌های زیستی کمتر باشد.

الکتروفورز ژل آگارز یک روش معمول برای بررسی اندازه DNA در آزمایشگاه است. قدرت ریزولوینگ ژل آگارز برای DNA کمتر از ژل آکریل آمید است، اما دامنه جداسازی بیشتری دارد و بنابراین معمولاً برای قطعات DNA با طول 50 تا 20000 جفت باز (جفت بازها) استفاده می‌شوند.

ماتریکس ژل آگاروز اغلب برای تخلیص پروتئین، به‌صورت بیدهای متخلخل یا رزین در کروماتوگرافی ژل فیلتراسیون، کروماتوگرافی میل ترکیبی و کروماتوگرافی تبادل یونی استفاده می‌شود.

همچنین  آگارز مولکول‌های زیستی را جذب نمی‌کند، دارای خواص جریان خوب است و می‌تواند شدت pH و قدرت یونی و همچنین غلظت بالای مواد شیمیایی دناتور کننده مانند اوره 8 مولار یا گوانیدین هیدروکلراید را تحمل کند.

موارد استفاده:

• برای آنالیز اسیدهای نوکلئیک با روش الکتروفورز افقی یا بلاتینگ (ساترن یا نوترن) مناسب است.
• همچنین در تکنیک‌های اوچرلونی و رادیال ایمونودیفیوژن استفاده شده است و دارای پس‌زمینه (بک گراند) کم رنگ اتیدیوم بروماید و سایبرگرین است.