بافر الکتروفورز یک محلول بافری است که در زیست شناسی مولکولی برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک مانند DNA و RNA در ژل آگارز کاربرد دارد. این بافر هم به عنوان بافر اجرای الکتروفورز و هم در ساخت ژل آگارز استفاده می‌شود.

برای تهیه ژل آگارز، ابتدا باید ژل را در آب حل کرده و سپس در مایکروویو گذاشته تا نزدیک دمای جوش شود. سپس ژل را خنک کرده و در قالب ژل ریخته و منتظر جامد شدن آن بمانید. پس از جامد شدن ژل، قالب را به دستگاه الکتروفورز منتقل کرده و نمونه های DNA را در حفره های ژل لود کنید. سپس دستگاه را روشن کنید و جریان الکتریکی را تنظیم کنید. پس از مدت زمان مورد نظر، دستگاه را خاموش کنید و ژل را برای مشاهده الگوهای DNA تحت UV قرار دهید. ممکن است بسته به روش انتخابی شما، رنگ لازم برای مشاهده DNA‌ قبل از ریختن آگارز به داخل قالب یا پس از الکتروفورز به ژل اضافه شود.